На мой взгляд всё просто. МВД - силовое МИНИСТЕРСТВО. То есть подчинено правительству Медведева, в котором компрадоры подняли головы и созрели для измены... Переподчинением силовики избавлены от возможности быть вовлечёнными в провокации и манипуляции продажной элиты.
Может есть и более глубокий смысл... тогда Валерий Викторович наверняка разложит всё по полочкам :)

Склоняюсь к мысли, что через это идёт удар против бандитизации власти.