Наверное, так легче управлять.

Сначала развалили прогнивший коммунистический аппарат управления. Потом создали новый и не только из новых кадров, но и с применениями новых технологий. Теперь подгребают все под этот новый центр управления. Все логично. Никто еще не придумал структуру управления лучшую чем пирамида с центром управления на ее вершине. И еще видимо скоро чрезвычайные ситуации, которыми занимается МЧС, могут иметь прямое отношения к Министерству обороны, так как пиндосы не успокоятся и когда их совсем загонят в угол, будут гадить по полной, в том числе и созданием этих самых чрезвычайных ситуаций.

"В реальности вопрос касается не только МГБ. Предполагается слить СК и Генпрокуратуру. Также МЧС, Минобороны, МВД".

Перетусовать колоду органов можно, но люди в ней останутся те же. Просто перейдут из одной структуры в другую. И будут нарабатывать новые связи. И поначалу будут такие диалоги типа "Саша, ты где? - Я теперь в ГП. А ты? - А я теперь в МГБ." и т.п.
Максимум, что им грозит - аттестация, по результатам которой сложится обновленный персональный состав, нацелить который на выполнение новых задач будет легче. По сложившейся веками практике - наградят непричастных, накажут невиновных. Верхушка, за редкими исключениями, останется на месте.
Боюсь, что ничего радикальным образом не изменится: если разворошить муравейник, муравьи сыграют тревогу, объявят мобилизацию, спрячут личинок и матку и примутся восстанавливать муравейник. Закон природы.

Лаврентьев Николай
Перетусовать колоду органов

Порушить постоянно прорастающие связи, то есть "нейроны" остаются а связи между ними рушатся в том числе и "порочные". ))

Вспомните лекции Петрова и его слова "Приди, Спаситель!"
Вопроса касается в том числе Шойгу.

По поводу МЧС.
1. Всё новое - хорошо забытое старое. МЧС создавалось из пожарной охраны, которая входила в МВД, и системы ГО и ЧС (Минобороны).
2. При грамотном подходе можно сократить кол-во нахлебников с большими зарплатами (руководящий состав) и улучшить качество и условия работы остальных.
Слышал, что в МЧС более менее адекватные условия службы в спецчастях, остальные имеют более низкие зарплаты и т.д. (вот ссылка на вопрос от пожарного, который получает 12000 р/мес: https://fct-altai.ru/qa/question/view-8998). То есть после реорганизации пожарные будут получать как полицейские (видел рекламу в Питере, где обещают от 35000р/мес желающим послужить в ДПС, транспортной полиции метро), а те, кто попадут в МО РФ - з/п контрактников или офицеров + неплохая социалка (по-моему сейчас только там есть работающая система обеспечения жильём).
3. Возможно, после ухода Шойгу "МЧС уже не тот".
4. Во время серьёзных стихийных бедствий часто приходится привлекать армейцев.
Например, привлекали подразделения МО РФ при наводнении в Приморье (было в новостях), для ликвидации вспышки сибирской язвы на Ямале, регулярно армейские подразделения участвуют в тушении лесных пожаров. Ну и был "экзотический" случай, когда бомбардировщик ликвидировал ледяной затор на реке. Пилот потренировался, а дорогостоящий боеприпас и топливо были использованы с пользой для народного хозяйства (в отличие от учений).
При привлечении подразделений разных ведомств усложняется координация действий и уменьшается скорость реагирования (что критично в случае ЧС). Возможно, что опыт Приморья это доказал.
В случае упразднения МЧС таких структур на одну меньше. А в случае наводнения, вообще, одна.
5. "Конспирологическая" причина. В эмблеме МЧС присутствует пирамида: http://www.mchs.gov.ru/